肠段切除术，顾名思义，就是切除一段病变的肠子。当药物治疗无效，发生癌变甚至出现穿孔时，就需要进行手术。对于溃疡性结肠炎患者，病变部位主要在结直肠，因此手术需要切除结直肠，并且是整段结直肠。因此切除结直肠是一项重大决定，需要多学科讨论，出现以下情况考虑手术治疗：（1）药物治疗无效；（2）中毒性巨结肠；（3）癌变或癌前增生；（4）结肠穿孔；（5）结肠大出血。而对于克罗恩病，通常经手术切除一小段病变的肠子或引流脓肿即可。同样，需要多学科讨论，出现以下情况考虑手术治疗：（1）药物治疗无效；（2）肠道狭窄，狭窄由瘢痕组织形成，影响消化的食物；（3）肠粘连所致肠梗阻；（4）炎症形成穿孔、大出血；（5）癌变；（6）瘘管不能自行愈合。